je nejobvyklejším procesním nástrojem. Práva a povinnosti daňových subjektů při daňové kontrole jsou upraveny v ust. § 85 a násl. zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění předpisů pozdějších (dále jen "d.  ř."). 



Cíl daňové kontroly:

Předmětem daňové kontroly jsou daňové povinnosti, tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně vztahující se k jednomu daňovému řízení. Daňová kontrola se provádí u daňového subjektu nebo na místě, kde je to vzhledem k účelu kontroly nejvhodnější. Správce daně předmět daňové kontroly prověřuje ve vymezeném rozsahu. Rozsah daňové kontroly lze v jejím průběhu rozšířit nebo zúžit postupem pro její zahájení (ust. § 85 odst. 1, 2, 3 d. ř.).


Průběh daňové kontroly: 
Při daňové kontrole je daňový subjekt nejvíce ohrožen, neboť správce daně (správní orgán) přichází s cílem prověřit splnění daňových povinností. Správce daně vyhledává okolnosti, jež svědčí v neprospěch daňového subjektu. Okolnosti svědčící ve prospěch daňového subjektu nejsou správcem daně aktivně vyhledávány a pokud jsou nalezeny, často v rozporu se zákonem zůstávají bez povšimnutí kontrolního orgánu. 


Správce daně seznámí daňový subjekt s výsledkem kontrolního zjištění, včetně hodnocení dosud zjištěných důkazů, a předloží mu jej k vyjádření (ust. § 88 odst. 2 d. ř.). Na žádost daňového subjektu stanoví správce daně přiměřenou lhůtu, ve které se může daňový subjekt vyjádřit k výsledku kontrolního zjištění a navrhnout jeho doplnění (ust. § 88 odst. 3 d. ř.). Takové vyjádření by mělo být provedeno kvalifikovaně a mělo by obsahovat návrhy důkazních prostředků na podporu tvrzení kontrolovaného daňového subjektu. Vyjádření k výsledku kontrolního zjištění je velmi důležité a závisí na něm budoucí úspěch celého řízení.



Po té, co se správce daně vypořádá s vyjádřením k výsledku kontrolního zjištění, musí být zpráva o daňové kontrole projednána s daňovým subjektem podle ust. § 88 odst. 4 d. ř.


Když jsou zjištěny nesprávnosti, je po kontrole vydán dodatečný platební výměr, kterým je stanovena daňová povinnost. Po vydání dodatečného platebního se daňový subjekt dostává do tzv. odvolacího řízení.